如何访问作为 RMarkdown 文档中参数传递的文件中的数据?

2023-11-21

遵循 RMarkdown 的最后一个示例参数化报告页面,我正在尝试使用Shiny界面选择我的输入文件,其中包含以下代码YAML标头:

params:  
  data:  
    input: file  
    label: 'Input dataset:'  
    value: myData.csv  

The Shiny界面出现,我可以浏览文件,但是当我尝试在下面进一步访问它时R代码通过read.csv(file=params$data, header=TRUE),我收到以下消息:

文件错误(文件,“rt”):无法打开连接

我怎样才能读取我的文件?

Note: 我见过一个thread用户在渲染时在函数中传递文件路径RMarkdown文档,但这不是我想要做的。我只是希望能够从Shiny界面。

EDIT
玩了一会儿后,我认为问题在于读取我通过选择的文件时创建的临时文件shiny当我尝试访问它时,作为 params$data 传递的接口不再存在。
的确,file.exists(params$data)回报FALSE.

所以我想我现在的问题变成:如何在删除这个临时文件之前读取它?


看来这个不能再重现了。

只是为了解释这是如何完成的:

  1. 创建一个新的 RMarkdown 文档
  2. 将以下 yaml 块添加到顶部:

    params:  
      data:  
        input: file  
        label: 'Input dataset:'  
        value: myData.csv  
    
  3. 将以下 R 块添加到文档中:

    ```{r data}
    cat(params$data)
    c <- read.csv(params$data)
    print(c)
    ```
    
  4. 在“Knit”下拉列表下选择“Knit withParameters”选项

  5. 附加任何有效的 CSV 并单击 Shiny 参数面板中的“Knit”
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