R .libPaths() RStudio 和命令行 R 之间的区别

当我从命令行运行 R 时：

> library(ggplot2)
...
> path.package('ggplot2')
[1] "/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/ggplot2"
> .libPaths()
[1] "/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"                
[3] "/usr/lib/R/site-library"                      
[4] "/usr/lib/R/library"                           
> Sys.getenv('R_LIBS_USER')
[1] "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13"

（注意：当我从 shell 中检查时，该环境变量实际上不存在。）

但是从在同一机器上运行的 RStudio Server 并以同一用户身份登录后：

> path.package('ggplot2')
[1] "/home/yang/R/library/ggplot2"
> .libPaths()
[1] "/home/yang/R/library"              "/usr/local/lib/R/site-library"    
[3] "/usr/lib/R/site-library"           "/usr/lib/R/library"               
[5] "/usr/lib/rstudio-server/R/library"
> Sys.getenv('R_LIBS_USER')
[1] "/home/yang/R/library"

您能解释一下为什么默认情况下这些不同吗？这是 RStudio 定制吗？ （为什么？）提前致谢。

来源直接回答：

http://support.rstudio.org/help/discussions/questions/204-r-libpaths-difference- Between-rstudio-and-command-line-r

你好呀，

是的，我们有一个自定义的 R_LIBS_USER 设置，旨在使其 更轻松地将服务器升级到新版本的 R，无需 每个用户重命名他们的库目录和/或重新构建他们的 包。这样管理员就可以无忧无虑地进行升级 他们会破坏用户的工作环境（意识到这 也可以通过编写一个升级脚本来完成 每个用户必需的重命名/重建）。

完全同意这并不一定在所有情况下都是可取的。这里 您可以采取以下措施来解决这个问题：

Rtudio服务器R_LIBS_USER由以下设置控制 在 /etc/rstudio/rsession.conf 中：

r-libs-user=~/R/library

该变量支持与 R_LIBS_USER 相同的通配符（如 此处描述：http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/base/html/libPaths.html） 所以你可以将其更改为以下内容以使 RStudio 表现得恰如其分 就像控制台 R 一样：

r-libs-user=~/R/%p-library/%v

（请注意，我相信这是重现目录的正确语法 如上面的输出所示，但您肯定需要仔细检查 那）

希望能够解决问题并且您可以将事情配置为 你想。如果您还有其他问题或者这没有问题，请告诉我们 按描述工作。

J.J.