Day2 R (Rstudio) 的更新，R 中包的安装与更新

1. R (Rstudio) 的更新与安装

• R 的安装请参考官网。
• R的更新：

Windows：

install.packages(“installr”) 
require(installr) 
updateR()

Mac:

#安装devtools包（如果已经安装 跳过此步，进入到下一步）
install.packages('devtools')
library('devtools')
 
#安装updateR
install_github('andreacirilloac/updateR')
library(updateR)
 
#更新
updateR(admin_password = 'User password')

这里还有个知乎帖子介绍在mac上用homebrew的方法：https://www.zhihu.com/question/420467033

• Rstudio 更新：
  
  在RStudio设置所用的R的路径（Rstudio 找不到安装的R）：在RStudio的“Tools”菜单下选择“Global Options”，然后在“General”选项卡中指定R语言的安装路径。

2. R中包的相关操作

2.1 安装

2.1.1 代码安装

install.packages('packages_name')

Example:

install.packages('ggplot2')
install.packages(c('包名1','包名2','包名3'))

国内的话可以改一下镜像（推荐用清华的镜像站）：

site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"  #清华的镜像站
install.packages("ggplot2", repo=site)  

#多个R包批量安装
ins_pac = c("ggraph", "GOSemSim", "biomaRt", "enrichplot", "GenomicFeatures")
install.packages("ins_pac", repo=site)   

# 也可以直接设置option里的镜像
options(repos=structure(c(CRAN="https://cran.cnr.berkeley.edu/"))) #伯克利的镜像
install.packages("pacman")

2.1.2 菜单栏中查找安装

2.2 升级

2.2.1 用代码升级

update.packages()

update.packages('ggplot2')

# 这里还有个代码可以直接升级所有R包
install.packages("rvcheck")
library(rvcheck)
update.packages()
update_all()

2.2.2 菜单栏中升级

点击Tool >> Check for Package Updates…：

或点击Rstudio 右下角Packages>>Update：

之后在弹出的对话框里可以选择包升级，或者升级全部：

2.3 加载

#library函数：直接加载包，不管这个包是否已经被加载。
library(包名)

#require函数：如果包已经被加载，则不加载。
require(包名)

#library一次载入多个包
pack_all <- c("ggplot2", "dplyr", "tidyr")
sapply(pack_all, require, character.only = T)

2.4 查看

#查看已经加载了哪些包。
(.packages())
sessionInfo()   #查看R中载入的包

#查看已经安装了哪些包。
installed.packages()

#查看已经安装的包目录
library()   

#查看启动R时自动载入的包。
getOption("defaultPackages") 

#查看已安装的某个包的使用说明。
help(package = "包名")

#查看包的安装位置。
.libPaths()

#查看自己的电脑可以安装哪些包。
available.packages()

2.5 卸除和卸载

• 卸除:
  detach("package:包名")
detach("package:包名", unload=TRUE)
  示例：

detach(“package:RMySQL”)
# 注意是卸除，不是卸载，也就是说不是把包从R运行环境中彻底删除，只是不希望该包被加载使用。在包使用函数冲突，检验函数依赖时比较有用。

detach() 函数：Detach a database, i.e., remove it from the search() path of available R objects. Usually this is either a data.frame which has been attached or a package which was attached by library. 详见?detach()。

• 彻底删除已安装的包：
  remove.packages(pkgs, lib)
  参数:

remove.packages(c(‘ggplot2’),lib=file.path(‘C:\\Work\\R\\R-4.1.2\\library’))